當時已接聖旨由楊柳青調往山西任總兵的周遇吉本已帶兵開拔，但他聽說清兵要過境楊柳青，遂率騎兵返回楊柳青，利用地形痛擊清軍，清軍死傷數千，創造了在明清交戰史上罕見的明軍以少勝多的戰例。

後周遇吉在山西也屢立戰功，古典昆曲大戲《寧武關》和京劇《寧武關》表現的就是周遇吉的戎馬一生，其中戲詞中曾多次提到周遇吉在楊柳青大敗清軍的輝煌戰績。

在諸路將領節節敗退，黃台吉如入無人之境的時候，周遇吉帶兵血戰清軍。

可惜，此時的周遇吉手裡兵馬並不多。否則，黃台吉非吃大虧不可。即便如此，周遇吉也有力地痛擊了清軍來犯。

崇禎十五年冬季，周遇吉接任山西總兵官，赴任之後，淘汰老弱殘兵，修繕兵器，加強練兵，積級備戰。

第二年冬季，李自成攻占陝西，準備取道山西進攻北京，周遇吉與山西巡撫蔡懋德分彆布置河防，並向京師求援，但當時北京已無兵可調，僅是象征性地派遣副將熊通率領二千士卒助戰，周遇吉留下熊通防守黃河之後，趕赴代州為北京建立阻擊防線。

崇禎十七年正月，平陽守將陳尚智投降李自成，勸降熊通，並讓他遊說周遇吉歸降。

周遇吉見到熊通後，怒斥道：“吾受國恩，豈可與你叛逆？！你統兵兩千，不去殺賊，為什麼反而要做說客？！”