朱棣和大臣心裡都認為是天譴，他的皇位是搶奪而來，不符合正統。也有人認為朱棣強行遷都北京，耗費大量人力物力，得罪了不少人。好多人認為這是不詳事件，都有了遷都回南京的心思，因此三大殿也沒有馬上重建。

到了嘉靖皇帝時期，三大殿再遭雷擊起火焚毀，連帶附近的建築也燒毀了不少，史稱“丁巳之厄”。

大火焚毀宮殿後，嘉靖皇帝立馬重建，耗費巨大，重新建好三大殿。明朝自開國以來，就是敬天為主，改奉天殿、華蓋殿、謹身殿分彆為皇極殿、中極殿、建極殿。其實這是嘉靖皇帝追諡自己的父親為皇帝的所謂“大禮儀”的延續，靠改名祛除晦氣，保平安而已。

而此時臣子們上朝的皇極殿，就是嘉靖時期改建的。滿朝文武大臣們，都在此早朝朝會。

萬曆二十四年三月，後廷乾清宮、坤寧宮焚毀。萬曆二十五年，歸極門起火，皇極殿、中極殿、建極殿因天火焚毀。

這次三大殿起火的原因很容易解釋，因為皇帝長期不上朝，宮裡麵很多值錢的寶貝，都被太監和宮女們偷偷去變賣。一下子丟失了這麼多器物，一旦東窗事發被追究下來，個個都是殺頭的死罪。

於是，這些太監宮女私自縱火燒毀宮殿，掩蓋罪行，反正三大殿已燒，來個死無對證。

最後一次，就是闖賊李自成遁走之時的焚城了。