自天啟年間到崇禎初年，毛文龍部以遼東沿海金州、朝鮮皮島一帶為根據地，屢次襲擊後金的後方，給後金造成了威脅。

如果僅憑這些，朱慈烺對此人其實並沒有多大的厭惡。畢竟，當初弄死毛文龍，確實是袁崇煥的一大汙點。毛文龍一絲，他的手下們群龍無首，投奔滿清也在情理之中。

問題是，當初這個孔有德，孔有德抵達吳橋時造反了，李九成說服孔有德發動吳橋兵變，回軍登州，在耿仲明的內應下破城，自號都元帥，孫元化忠於朝廷不願稱王，孔有德放他逃離登州。

崇禎五年正月，孔有德部東進圍登州，登州告急。二月，孔有德部率軍圍攻萊州，孔有德廣招原部下，駐守皮島的明將陳友德等三千人，也加入到叛亂的行列。叛軍更是全力攻打萊州城。

在徐從治、謝璉和萊州知府朱萬年等的帶領下，守衛萊州的軍民“備芻糧，設守具，據敵數月”。在叛軍的重重包圍之中，儘管城中已到彈儘糧絕的地步，仍拒不開城投降。而明總兵鄧圮、王洪已率川兵萬人自昌邑來援，距萊州僅40裡，卻接到命令駐足不前，指望招撫成功。孔有德見狀，拚命攻城，巡撫徐從治親上城樓，被叛軍炮火擊中，重傷而死。他的死更激發了萊州軍民守城的決心，“萊人感其義，卒堅守不下”。

謝璉被俘後，朝廷遂急令各路援軍向孔有德進攻。孔有德見情勢不妙，撤回登州城，十月，明軍開始攻城，戰鬥進行得十分激烈，明副總兵丁思侯、裨將程仲文、祖邦樓在攻城中戰死，叛軍主要將領李九成也被明軍炮火擊斃。孔有德見登州難保，率叛軍近萬人突圍，棄城登船而逃。駐守在旅順、長山、鹿島的明總兵黃龍率兵伏擊，擒獲孔有德部將毛有順、毛承福等人，大敗叛軍。孔有德、耿仲明等率餘部逃到蓋州，轉投後金。

崇禎六年（四月，他們率叛軍及家眷一萬人在鴨綠江口與濟爾哈朗、阿濟格、杜度率領的後金兵會合，被要求剃發，登萊之亂遂告結束。

如果說以上這些，朱慈烺還是能夠容忍。畢竟當初的大明王朝實在爛的可以，孔有德投遞叛國，朱慈烺也可以既往不咎。