小智一行人打贏了可爾妮後，繼續旅行。

期間，希特隆的勒克貓回歸了。

然後小智繼續旅行中。

再次遇到了三平，呱頭蛙進化成了甲賀忍蛙。

然後又遇到了之前遇到的烏賊王，這一次，小次郎的好啦魷進化成烏賊王乾趴了三隻烏賊王。

結果三隻烏賊王被黑暗種子的力量吸引，變成黑暗神奇寶貝了。

結局自然是甲賀忍蛙一刀斬斷黑暗力量後，被小次郎的惡烏賊打成了狗。最後被藏在暗處的君莎小姐一把抓獲。

然後小智就遇到了黏黏寶。

由於小智有龍波導，很輕鬆收服了黏黏寶，幫助黏黏寶克服了害怕妖精係的問題後，拉魯拉絲進化成了奇魯莉安。

隨後，眾人到了新的城市，打敗了道館訓練家福爺，隨後準備道館戰。

走到了荒野地區，遇到了一隻被黑暗種子之力侵蝕的噗噗豬。

黏黏寶進化成黏美兒，打敗了噗噗豬後，甲賀忍蛙解決了這邊的黑暗種子。

隨後，希特隆回去解決道館的麻煩去了，閃焰隊再次襲來。

誤打誤撞結果放火燒山，於是，黏美兒強行吸收了小智身體裏巨量的龍波導力量喚醒基因裏麵的遠古活性，變成了洗翠的模樣後，用超強大的祈雨降下大雨，隨後，強行進化成古代種的黏美龍。

然後就是經典的皮卡丘收割時間。

回到密阿雷市後，小智把情況跟博士們討論了一下。

【火蛾子：我倒是聽說過，好像這是洗翠元年事情了。】

【大婆婆：龍波導確實有喚醒精靈細胞遠古記憶的能力。】

【希羅娜：看起來奶奶有研究課題了。】

【布拉塔諾：速速送來研究！】

於是，小智帶著神奇寶貝們打贏了希特隆的道館後，黏美龍被留在研究所暫時進行研究，小智則要了一塊覺醒石，讓奇魯莉安進化成艾路雷朵。

莎莉娜的奇魯莉安吃下神奇糖果直接進化成沙奈朵。

隨後，小智的艾路雷朵和莎莉娜的沙奈朵進行了一場mega戰。

緊接著，小智回到了黏美龍的故鄉，黏美龍這次有了古代的力量加上已經完全消化龍波導帶來的加持，輕鬆用急凍光線打敗了花潔夫人。

但是，這時，一隻全身被黑暗力量覆蓋的花葉蒂突然亂入了。

“黑暗種子，居然也在這裏！”

小智沒想到這裏居然也被汙染了。

隨後，又一次被複活的狗豪出現了。

【狗豪：多謝了，花潔夫人，你的好妹妹我就不客氣地奉獻給黑暗了，還有你忠實的小迷弟們！】

花潔夫人都明白了，當初自己是信錯人了。

“花潔夫人。”

小智不知道發生了什麽。

【喵喵：花潔夫人說，當時她的家鄉受到了黑暗種子的攻擊，她的妹妹重傷，於是，她遇到了狗豪，狗豪假意治病然後告訴他這邊有治療一切傷勢的泉水，她才興戰的。】

【膽小龍：你這個混蛋，老子跟你拚了！】

【永遠的老大：真tm畜牲啊。】

【武藏：這等滾蛋必須就地正法！】

【小次郎：沒錯！太可恨了！】

【狗豪：沒用的，讓你們看看我的影響力吧！】

話音剛落，全部的神奇寶貝都變成了黑色。

【狗豪：現在，這裏全部的神奇寶貝都是黑暗神奇寶貝了。】

黑暗花潔夫人立刻率領神奇寶貝們攻擊小智他們。