正當夜天等人行至途中時，乘坐的船卻出現了故障，好在附近就有一個城市，夜天隨即讓小黃放出了小藍，然後三人坐著小藍來到了這座城市——馬察市</P>

然後夜天三人來到了神奇寶貝中心，結果一進門，夜天懷裡的依依和小黃肩膀上的丘丘就顯得沒有了精神，而喬伊小姐則是正在和一個理工男在電腦前忙碌著。</P>

隻見神奇寶貝球的傳送係統不斷的把神奇寶貝球傳送走，但是傳送進去的完成了最終進化型烈焰馬卻變成了沒有進化的綠毛蟲，而那個理工男卻是完全無法接受這個結果，竟然直接啟動了強製關機的按鈕，然後跑出了神奇寶貝中心。</P>

夜天隨後才從喬伊小姐那裡知道這個理工男就是神奇寶貝傳送係統的開發者——秋葉原博士，神奇寶貝中心的神奇寶貝球傳送係統現在已經完全停止運作了，但是如果不快點讓秋葉原博士回來解決的話，那些之前傳送走的神奇寶貝就危險了，而且這種事情最近一直發生。</P>

但是每一次秋葉原博士都會來解決，可是這一次卻比以往更加恐怖，已經有超過百隻神奇寶貝被傳送走了，先前隻有幾隻被傳送走，但是都被找回來了。</P>

最後喬伊小姐請求夜天幫忙去找回秋葉原博士，然後拿出了一張手繪地圖交給了夜天，夜天隨即帶著葉子和小黃前往了秋葉原博士的研究所。</P>

然後就來到了一個破舊的大房子麵前，夜天隨即推開了門走了進去，結果一進門就看到房子裡麵黑漆漆的一片，完全沒有人住的樣子。</P>

三人走進去後，找了一圈都沒有見到博士，突然出現的一個巨大博士頭機器人倒是把葉子和小黃嚇了一跳，然後就被夜天一記回旋踢踢到了一邊。</P>

但是突然，秋葉原博士的聲音響起來，然後向夜天三人講述了神奇寶貝傳送係統的問題的原因：博士開發出了一隻電腦神奇寶貝3d龍用來維護神奇寶貝傳送係統，但是最近3d龍開始變得奇怪了，他隨即開始檢查，然後發現是有病毒入侵了3d龍，然後讓3d龍開始不再受他的管控，並且時常下載一些奇怪的軟件，最重要的是，它還把他的瀏覽器記錄給完全複製後刪除了！</P>

隨後秋葉原博士請求夜天進入電腦中的數碼世界去處理一下這隻3d龍，夜天聽後沒有一點點猶豫就拒絕了，畢竟你這個劇情已經突破了次元壁要和隔壁數碼寶貝串台了。</P>

但是秋葉原博士卻違抗了夜天三人的個人意願，直接將夜天強行送入了數碼世界中，還中二的說道：“被選中的少年啊！去拯救數碼世界吧！”</P>

“我c！暗影，水手裡劍！”夜天在進入數碼世界之前將暗影放了出來同時凝聚波導之力將葉子和小黃推開了，然後暗影一發水手裡劍擊穿了牆壁就找到了秋葉原博士，暗影隨即一招擒拿手控製住了秋葉原博士，葉子和小黃也是一臉氣憤的看著秋葉原博士。</P>

而夜天則是進入到了數碼世界中，然後就看到了一隻桃紅色與藍綠色的棱角分明，形狀有些類似紙鶴的神奇寶貝，正是3d龍（0號機）。</P>

正見這隻3d龍又在下載一些亂碼的文件，夜天好奇的看了一眼後就亞麻呆住了，隨後就後悔的捂住了自己的眼睛，不！我的眼睛不乾淨了！</P>