1993年，喬丹帶領公牛在五次季後賽中四次戰勝帕特裡克·尤因率領的紐約尼克斯。在關鍵的第五場，喬丹打出了“三雙”表現：29分、10個籃板和14次助攻。隨後，公牛在六場內過關。在總決賽，喬丹在麵對菲尼克斯太陽的六場比賽中創造了一項紀錄：他場均得到了41.0分，成功奪得三連冠

然而三連冠的喜悅沒多久，喬丹就接到噩耗，他的父親被謀殺。就在新賽季訓練營開始前，喬丹宣布退役，並準備開始棒球生涯。棒球是父親從小激勵他從事的運動，喬丹也最終加盟了美國職棒聯盟。事實上，他在棒球場上並不太成功。

在1994-95賽季末期，喬丹說出了那句著名的“I\'mBack”。重回NBA的喬丹在17場常規賽中，場均得到26.9分，公牛的對應戰績為13勝4負。季後賽，喬丹場均31.5分，不過公牛仍輸給了擁有沙奎爾·奧尼爾的奧蘭多魔術。

1995-96賽季，喬丹場均得到30.4分，率領公牛取得了72勝10負的戰績。喬丹在這一個賽季囊括了常規賽、全明星賽和總決賽三項MVP，之外僅有威利斯-裡德能完成這一壯舉。

1996-97賽季，經過6場比賽，喬丹率領芝加哥公牛擊敗猶他爵士，連續第2個賽季、也是第5次奪得總冠軍。喬丹個人連續第2次、職業生涯第9次奪走得分王稱號，連續第2個賽季奪得總決賽MVP。

1997-98賽季，喬丹連續第3個賽季、職業生涯第10次獲得分王稱號，也再次集常規賽MVP、全明明賽MVP、總決賽MVP於一身。1998年6月14日，總決賽6場的最後一刻，又是芝加哥公牛對陣猶他爵士，喬丹從馬龍手中成功斷球，並在晃倒防守他的卡塞爾之後投進製勝球。此球命中後，芝加哥公牛隊第2次奪得三連冠，也是8年內的第6次。

1999年，在勞資談判陷入僵局時，喬丹再度宣布退役，他表示“已經沒有了起初作為籃球運動員時的挑戰目標”。

2001年9月25日，喬丹正式宣布複出，並和華盛頓奇才簽訂了為期2年的合同。喬丹在奇才的第一個賽季場均拿下23分。喬丹將他曾經的公牛教頭道格·柯林斯請來奇才，試圖提升這支球隊的實力。但在兩年間，奇才均未能夠打入季後賽。

喬丹在2002-03賽季場均得到20分，那一年，他參加了他的最後一屆全明星賽。2002年11月28日，喬丹宣布，他將在賽季結束後第3次退役。2003年4月16日，在隨華盛頓奇才出征費城76人的比賽中，喬丹打了職業生涯的最後一秒鐘。他的球隊連續2個賽季沒有進入季後賽。

喬丹職業生涯共有39次得到50分以上，其中季後賽8次曆史第一，5次取得60分以上，單場最高分69分曆史第六。(未完待續。)